Nhằm đáp ứng nhu cầu tu bổ, sửa chữa di tích - nhà ở của người dân, góp phần bảo tồn các giá trị kiến trúc, cảnh quan trong khu phố cổ theo quy chế Quản lý bảo tồn, sử dụng di tích khu phố cổ Hội An của UBND thành phố Hội An, trong năm 2016, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An đã tiếp nhận 269 lượt hồ sơ xin phép sửa chữa, tu bổ di tích nhà ở của nhân dân trong khu phố cổ, trong đó: Khu vực I: có 116 hồ sơ, Khu vực IIA: có 69 hồ sơ, Khu vực IIB: có 84 hồ sơ.
Qua kiểm tra, khảo sát và xem xét hồ sơ, Trung tâm đã tham mưu để UBND thành phố giải quyết cấp phép 147 hồ sơ, trong đó Khu vực I: có 43 hồ sơ, Khu vực IIA: có 47 hồ sơ, Khu vực IIB: có 57 hồ sơ; Trung tâm đã xử lý cấp phép 79 hồ sơ; hướng dẫn trả lời bằng văn bản và gởi lại hồ sơ xin phép xây dựng của công dân tại Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả thành phố 33 hồ sơ; đang xử lý 10 hồ sơ. Bên cạnh công tác tham mưu cấp phép, Trung tâm cũng thường xuyên kiểm tra, giám sát các công trình xây dựng, sửa chữa, tu bổ tôn tạo di tích/nhà ở của nhân dân trong khu phố cổ nhằm ngăn chặn việc sửa chữa, xây dựng sai phép, không phép làm ảnh hưởng đến kiến trúc, cảnh quan và sai lệch giá trị của di tích.