Với di cảo phong phú về các lĩnh vực nghiên cứu lịch sử văn hóa Hội An và Quảng Nam, dịch thuật, sáng tác,… nhà nghiên cứu Nguyễn Bội Liên được các học giả xem là “Nhà Hội An học” tiêu biểu của Hội An.
Thực hiện kế hoạch công tác năm 2017, hiện nay Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An đang phối hợp với gia đình nhà nghiên cứu Nguyễn Bội Liên tiến hành sưu tầm, tập hợp, phân loại di cảo của nhà nghiên cứu để tổ chức bản thảo và in ấn thành sách. Dự kiến, tập di cảo này sẽ được in ấn, phát hành vào dịp kỷ niệm 18 năm ngày Đô thị cổ Hội An được công nhận là di sản văn hóa thế giới.