Trong quá trình Nam tiến dưới thời các chúa Nguyễn, tuy không lấy Phật giáo làm quốc giáo như thời Lý - Trần, nhưng các chúa Nguyễn lại lấy Phật giáo làm chỗ dựa cho chính sách an dân trị quốc. Đi đến đâu người Việt cũng được chúa Nguyễn cho xây dựng chùa để thờ Phật. Đây là một vấn đề tất yếu, bởi lẽ tinh thần Phật giáo đã thấm sâu vào trong tư tưởng tình cảm của mỗi người dân Đại Việt. Vì thế, kể từ khi Thừa tuyên đạo Quảng Nam thành lập, chúng ta đã thấy có bóng dáng của những ngôi chùa cũng như các vị thiền sư đến đây hoằng hóa. Tại nơi đây, các dòng thiền bắt đầu được truyền bá và phát triển mạnh mẽ, nhưng để lại dấu ấn đặc biệt và tồn tại phát triển phải kể đến Thiền phái Lâm Tế với vai trò của Thiền sư Nguyên Thiều (1648 - 1728) và Thiền phái Tào Động với vai trò của Thiền sư Thích Đại Sán - Thạch Liêm (1633 - 1704).