Trước khi tiến hành khai quật, di chỉ đã được đào thám sát vào tháng 3 năm 1993.
Hố khai quật có diện tích khoảng 8m2. Trong hố khai quật đã tìm thấy dấu vết của 3 lớp kiến trúc cổ.
Lớp 1: Là nền của căn nhà, phía sau nhà số 85 hiện tại.
Lớp 2: Dưới đáy cống ngầm của căn nhà lớp trên lộ ra một khoảng sân lát đá. Phía Đông sân đá là lớp nền của một nhà cầu cổ.
Lớp 3: Bên dưới sân lát đá là một lớp nền được lát bằng gạch. Dưới lớp nền này 0,20m lại có thêm một lớp nền gạch nữa lát bên trên bề mặt lớp đất tạo nền.
Theo các khế ước, văn tự của nhà số 85 phố Trần Phú cho biết căn nhà này được kê khai vào khoảng năm 1811. Do vậy, lớp kiến trúc thứ nhất có niên đại cuối thế kỷ thứ 19, đầu thế kỷ thứ 20.
Những mảnh gốm tìm thấy ở lớp nền thứ 2 và thứ 3 đều có niên đại cuối thế kỷ thứ 18. Đó cũng là niên đại của lớp kiến trúc này.
Tại đây, đã không phát hiện được bất kỳ dấu vết cư trú nào của cư dân Hội An vào thế kỷ 16-17. Vì vậy, có thể đoán chắc rằng, khu vực phía Nam đường Trần Phú hiện nay không phải là phố cổ Nhật Bản ngày xưa.
Chú ý: Việc đăng lại bài viết trên ở website hoặc các phương tiện truyền thông khác mà không ghi rõ nguồn http://hoianheritage.net là vi phạm bản quyền