Hiện tại Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An đang trực tiếp quản lý 6 Bảo tàng chuyên đề: Bảo tàng Văn hóa Sa Huỳnh, Bảo tàng Gốm sứ Mậu dịch, Bảo tàng Văn hóa Dân gian, Bảo tàng Lịch sử - Văn hóa, Phòng Truyền thống Cách mạnh Hội An và Nhà Lưu niệm đồng chí Cao Hồng Lãnh.